4.3 Caractérisation
moléculaire des agents bactériens identifiés
Les profils génotypiques générés
par les différentes méthodes de typage moléculaire des
souches bactériennes constituent un outil épidémiologique
important pour la détermination de potentielles sources d'infections. De
plus, la distribution des souches typiques de Salmonella circulant
parmi les différentes espèces offre une information
précieuse pour la compréhension épidémiologique de
la dissémination des génotypes particuliers (tabo et
al.,2013).
Sur les vingt souches de Salmonella que nous avons
identifiées, seules seize se sont avérées positives
à la PCR.Dans l'ensemble, les empreintes génétiques des
souches examinées différaient de celles décrites par Khare
et al. pour les souches de salmonella, qui présentaient un nombre de
bandes variant de 15 à 24Khare et al.,2020. Cette disparité peut
être attribuée à des variations dans les conditions
environnementales ainsi qu'à l'évolution génétique
des souches Shauf et al .,2017 , Labrador et al.,2020.
Toutes les souches de salmonella présentaient
un profil (GTG) 5-PCR. Les chiffres 1 à 24 montrent les empreintes
génétiques des souches étudiées.Une minorité
de souches présente deux bandes caractéristiques,
représentant 3,77 % de l'échantillon.
L'arbre phylogénétique obtenu présente le
lien de parenté entre les différentes souches
étudiées grâce à leur profil d'empreinte
génétique en comparaison avec la souche de
référence ATCC 13076. La relation familiale des souches est
déterminée par la ligne droite verticale à 96% sur le
dendrogramme. A travers le dendrogramme, on observe que la souche de
référence Salmonella ATCC13076 est située au
même endroit que la souche salmonella S11. L'analyse de l'arbre
phylogénétique montre qu'il y a diversité entre les
souches étudiées. Ainsi quinze (15)
groupesontétéobtenus.G1 (S2), G2 (S1,S5), G3 (S4,S3), G4 (S8), G5
(S10), G6 (S7, S9), G7 ( S21,ATCC 13076), G8 (S11), G9 (S6), G10 (S13, S12),
G11 (S14,S15) G12 (S18) G13 (S20,S17), G14 (S19) G15 (S24,S22,S26,S25,S23).
Cela montre une faible relation phylogénétique
entre les souches étudiées (taux de similitude inférieur
à 96% figure 18)Khare et al.,(2020) et Mohapatra et
al., (2008) avaient utilisé la même méthode pour
regrouper les souches de Salmonella. Selon l'analyse
moléculaire basé sur l'arbre phylogénique de l'empreinte
digitale des souches, nous observons que les souches de groupe G15 (S24,
S22,S26, S25, S23) isolées des sangs des patients pourraient être
également la cause des infections à Salmonella en raison
de leur affiliation à des souches responsables de patholagies
entérites (figure : 22).
Cependant, les souches appartenant au groupe G15 (S22,
S26)isolées du sangsont uniques par rapport aux autres elles pourraient
également être à l'origine d'infections gastroenterite en
raison de leur affiliation à des souches responsables de pathologies
gastroentérite. Les souches de certains groupes ne sont que des
entéropathogènes selon leur affiliation (figure 22). En
effet certains auteurs avaient utilisé la méthode GTG5 pour
séparer les Salmonella responsables de pathologies humaines et
animales (Khare et al., 2020 ; Dombek et al.,
2000 ;Farmer,etal., 2016). D'ou, les souches de certains groupes
G1, G2, G3, G4,G5, G6, G7, G8, G9, G11, G12, G14, et G10 ne sont des
gastroenteropathogènes que selon leur affiliation .
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