VIII.1- RESULTATS
Ces résultats concerneront d'une part le comportement
des bactéries observé sur le milieu de culture TY pendant leur
purification et d'autre part le polymorphisme des fragments de restriction de
l'ADNr 16S amplifié de ces isolats.
VIII.1.1- Croissance des bactéries sur milieu TY
solide
La culture des bactéries isolées des nodules du
pois cajan sur milieu TY solide en vue de leur purification a permis de les
subdiviser en deux groupes selon le temps d'apparition des colonies. Le premier
groupe, noté bactéries à croissance rapide ou XR, (65, 1 %
des isolats) développe des colonies denses et bien identifiables en 24
heures d'incubation tandis qu'il faut un temps de 48 heures au deuxième
groupe (bactéries à croissance lente ou XL) pour
développer des colonies ayant les mêmes aspects (figure
15). Ce résultat a été observé pendant
quatre cycles de purification des isolats sur le milieu TY.
 
A : Niveau de croissance des deux groupes
de B : Niveau de croissance des deux groupes
de
bactéries 24 h après ensemencement
bactéries 48 h après ensemencement
XR
XR
XL
XL
Figure 15 : Mode de croissance sur milieu
TY en 24 heures et 48 heures des groupes de rhizobia isolés du pois
cajan
VIII.1.2 Amplification par PCR de l'ADNr 16S
La PCR réalisée sur l'ADNr 16S de toutes les
bactéries isolées pour l'étude (169) a permis d'en
amplifier 152, soit un taux d'amplification de 88,4 %. Cette amplification a
généré une bande unique révélée par
électrophorèse chez l'ensemble de ces 152 souches. Evaluée
visuellement par comparaison au marqueur utilisé, la taille de la bande
correspond au poids moléculaire de 1500 pb (figure 16).
M B27.1
B40.3 B35.1 B20.3
B14.4 B39.2 B14.2
B28.2 B23.1 T-
1500 pb
Figure 16 : Résultats d`amplification de
l'ADNr 16S des rhizobia isolés de Cajanus cajan
M : Marqueur de poids moléculaire
1kb ; T- : Témoin négatif (Milieu PCR
sans ADN)
B27.1: Code d'identification (ici,
souche n°1 des quatre cultivées sur la boîte de pétri
n° 27).
VIII.1.3 Produits de digestion
La digestion effectuée sur toutes les souches
amplifiées avec l'enzyme de restriction Tsp 509I a
généré trois profils différents en se basant sur le
nombre de bandes de digestion généré par souche. Il s'agit
d'un profil à deux bandes (A), d'un profil à trois bandes (B) et
d'un dernier profil à quatre bandes (C) (Figure 17).
M B
A A B B B
B B B B B
T-
M C
C C
C C C C
T-
Gel N°2
Gel N°1
Figure 17 : Différents profils de
digestion obtenus avec l'enzyme de restriction Tsp 509I.
M : Marqueur de poids moléculaire
1kb ; T- : Témoin
négatif (Amplifiat sans Tsp
509I) ;
A : Profil à deux (2)
bandes ; B : profil à trois (3)
bandes ; C : Profil à quatre (4) bandes.
La proportion relative de chaque profil est donnée par
la figure 18:
Figure 18 :
Proportions relatives des trois profils obtenus par
PCR-RFLP
La figure 18 montre une abondance relative du profil de
digestion à 3 bandes (53,9 %). Le profil à 2 bandes est le moins
important et représente 11,2 % de l'ensemble des souches
digérées.
Une analyse des profils de digestion en rapport avec la
vitesse de croissance des souches a donné les résultats
présentés par la figure 19:
Figure 19 : Proportions des profils de
digestion des souches supposées à croissance lente
Cette figure fait ressortir la présence des trois
types de profils observés chez les
bactéries supposées à croissance lente.
Toutefois, une proportion plus faible (3,4 %) pour le
profil à deux bandes est à souligner.
Ces observations sont complémentaires à celles faites avec
les souches supposées à croissance rapide. Ainsi, l'analyse des
profils de digestion en rapport avec la vitesse de croissance des souches
n'a établi aucun lien particulier entre l'un ou l'autre des groupes
de croissance et les types de profils.
Tous les résultats ci-dessus obtenus feront l'objet d'une
discussion dans le paragraphe suivant.
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