Memoire Online - Evaluation de l'efficacité thérapeutique des antibiotiques prescrits par les prescripteurs sur les cas des infections urinaires: Etude menée dans la ville de Mbandaka 2023

Les micro-organismes retrouvés le plus fréquemment chez les patients présentant une infection urinaire sont décrits comme uropathogènes. Ceci inclut :(Thirion D, Williamson D., 2003).

La plupart des infections du tractus urinaire sont dues à la propagation par voie ascendante des bactéries d'origine intestinale où la prédominance des entérobactéries (Tableau 01), au sein desquels. (Avril J, Loup Pr, Henry D, Denis F, Montiel H. 2000).

Ailleurs, d'autres bacilles à Gram négatif, Pseudomonas aeruginosa sont responsables des infections urinaires iatrogènes, résultant d'une contamination par manoeuvres instrumentales endo-urinaires (sonde à demeure, urétrocystoscopie...).

Les infections urinaires à Cocci à Gram positif sont rares, Ce sont (Tableau I):

v Staphylocoques : aérobies -anaérobies facultatifs, Possèdent une catalase, sont regroupés en amas, commensaux de la peau et des muqueuses :
· Staphylocoques à coagulase négative : S. saprophyticus, S. haemolyticus, S. epidermidis.
· Staphylocoques à coagulase positive :S. aureus.

v Streptocoque des groupes D (Entérocoque), G et B sont surtout rencontrés lors d'infection urinaire iatrogène.

Les infections urinaires à cause des bacilles à Gram positif sont aussi rares, ce sont:

Tableau I. Présentation des principaux agents infectieux. (Pozzetto B. 2001)

	HABITAT PREFERENTIEL	MODE DE TRANSMISSION
BACILLES A GRAM POSITIF
Listeria sp. Clostridium difficile Clostridium perfringens	Humain (TD) Animal (TD) Environnemental (spores)	Contact indirect
Listeria sp. Listeria monocytogenes	Environnemental (végétaux, sol, aliment...)	Contact direct (rare) Contact indirect
COCCI A GRAM POSITIF
Enterococcus sp (faecalis, faecium	Humain (TD) Animal (TD) Environnemental (eaux et des aliments)	Contact indirect
Staphylococcus aureus (Staphylocoque doré)	Humain (peau, rhinopharynx, vagin) Environnemental (Poussière et les aliments)	Contact direct Contact indirect
Staphylocoque à coagulase négatif (s.epidermidis, s.hominis, s.capitis...)	Humain (peau et muqueuses) Animal (peau et muqueuses) Environnemental	Contact indirect Contact direct
Streptococcus agalatia (streptocoque B)	Humain (TD, vagin)	Contact indirect Contact direct
Streptococcus pneumoniae (pneumocoques)	Humain et animal (Voie aérienne supérieures)	Gouttelettes
Streptococcus pyogènes (streptocoque A)	Humain et animal (voie aérienne supérieures)	Gouttelettes Contact indirect Contact direct
BACILLES A GRAM NEGATIF LES ENTEROBACTERIES
Enterobacter sp (E. Aerogenes, cloacae...)	Humain (TD) Animal (TD) Environnemental (sol, eaux, végétaux)	Contact indirect
Escherichia coli	Humain (TD) Animal (TD) Environnemental (eau et aliments)	Contact indirect
Klebsiella sp (pneumoniae, oxytoca)	Humain (TD) Animal (TD) Environnemental (sol, eaux et végétaux)	Contact indirect
Proteus sp (mirabilis,virgaris...)	Humain (TD) Animal (TD) Environnemental (sol, eaux)	Contact indirect
Salmonella enterica S.typhi, paratyphi et salmonelles mineures	Humain (TD) Animal (TD) Environnemental ( eaux et les aliments)	Contact indirect
Serratia sp. (S.marcescens, liquefaciens)	Humain (TD) Animal (TD)	Contact indirect
Yersinia enterocolitica	Animal (TD) Environnemental (eau, sol et végétaux)	Contact indirect Contact direct
AUTRES BACILLES A GRAM NEGATIF
Legionella sp. (L.pneumophila...)	Environnemental (eau tiède, climatiseurs)	Gouttelettes
Pseudomonas aeruginosa	Humain (TD) Environnemental (eau, Sol et végétaux)	Contact indirect
LEVURES
Aspergillus sp. (A.flavus, Niger...)	Environnemental (végétaux, sol, poussière)	Aéroporté
Candida sp. (C.Glabrata,Albicans, krusei...)	Humain Animal Environnemental	Contact indirect Contact direct
Cryptococcus neoformans	Animal (pigeons) Environnemental	Aéroporté
Pneumocystis carinii hominis	Humain	Gouttelettes
PARASITES
Pediculis capitis (poux de tête) Pediculis corporis (poux de corps) Pediculis pubis (poux de pubis ou morpion)	Humain (zone pileuse) Environnemental (vêtements, literie, matériels de toilette...)	Contact indirect Contact direct
Sarcoptes scabei hominis	Humain	Contact indirect Contact direct

Les infections urinaires sont généralement causées par un seul microorganisme. L'Escherichia coli est l'argent responsable dans plus de 80% des infections et le Staphylococcus saprophyticus dans 1% à 15% d'infections. Occasionnellement, d'autres agents infectieux peuvent être impliqués tels que le Klebsiella spp ; le porteus mirabilis et l'Enterococcus feacalis. L'étiologie de l'IU varie selon les facteurs de risque et le type d'infection (compliqué versus non compliqué).Les principaux agents infectieux sont présentés dans le tableau II.

Tableau II : Etiologie des infections urinaires(Daniel J, Thirion G, David W., 2008).

L'urine est un liquide biologique composé de déchets de l'organisme, elle est secrétée par les reins par filtration du sang, qui sera expulsée hors du corps par le système urinaire. (Hermann H et Cier J., 2014)

· Volume : 1000-1600 ml en 24h. Ce volume peut être réduit de moitié environ à la suite de grandes chaleurs ou de divers exercices corporels.
· Couleur : jaune ambrée liée aux pigments qu'elle contient tels l'urochrome et l'uro-erythrine.
· Limpidité : l'urine normale fraichement émise renferme toujours des cellules épithéliales, du mucus de sédiment, et constitue le dépôt floconneux. Les leucocytes qu'elle contient peuvent également de façon légère diminuer sa clarté.

· Odeur : légère, cependant des bactéries peuvent transformer l'urée en carbonate d'ammonium (cas de cystite) et donner une odeur ammoniacale.

· Poids : déterminé à l'aide d'un pycnomètre l'urine recueillie 24h pèse environ1, 020 kg. (Hermann H et Cier J. 2014)

L'urine d'une personne saine est composée de 95% d'eau dans laquelle les déchets du métabolisme sont dissous. Les principaux constituants sont mentionnés dans le tableau 03.

L'étude du sédiment urinaire permet de dénombrer les éléments figurés (aspect quantitatif) et de les identifier (aspect qualitatif). Ainsi, l'examen cytologique des urines permet de reconnaitre les éléments figurés que l'urine contient.

Ø Les cellules épithéliales : Elles proviennent des tubes rénaux ou des voies excrétrices (RICHET., 1988).

Ø Les cristaux : Les cristaux de phosphate amoniaco-magnésium et d'oxalate de calcium : Ce sont les cristaux les plus communément présents dans les urines.- Les cristaux de phosphate ammoniaco-magnésium ont la forme d'un couvercle de cercueil incolores et présents dans une urine basique (Godon et Martigny., 2007).- Les cristaux d'oxalate de calcium ont la forme d'une enveloppe et sont présents dans une urine acide. Ces deux catégories de cristaux peuvent apparaitre après l'ingestion de certains aliments (le chou, l'asperge, etc.). -Les cristaux de cystine : Ils sont épais, de forme hexagonale, ils apparaissent par suite d'une anomalie génétique (Godon et Martigny., 2007).-Les cristaux d'acide urique : On les rencontre dans les urines acides, ils se présentent sous différentes formes, rhomboédriques, sous forme de plaques, de rosettes de petits cristaux et sont de couleur rouge-brun, jaune ou incolore. Bien que fréquents chez les patients atteints de goutte, de lymphome ou de leucémie, leur présence n'est pas obligatoirement pathologique (Godon et Martigny., 2007).

Ø Les cylindres hyalins : Les cylindres hyalins sont constitués d'un gel protéique dans le tube rénal. Ils peuvent contenir des inclusions cellulaires et se dissolvent rapidement dans une urine alcaline. Un sédiment urinaire normal peut contenir 1 à 2 cylindres hyalins par champ microscopique au faible grossissement (Godon et Martigny., 2007).

Ø Les bactéries (bactériurie) : C'est la présence de bactéries dans les urines. La bactériurie est rapportée à une unité de volume, le ml. La bactériurie est considérée comme significative lorsqu'il y a 105 (ou plus) germes/ml d'urine, après culture d'urine fraichement émise et ayant séjourné au moins trois heures dans la vessie. Pour qu'elle soit significative, la bactériurie doit compter des germes d'une seule et même espèce ou éventuellement deux espèces, c'est essentiel. Si l'urine est obtenue par ponction vésicale ou sous-pubienne, quel que soit le nombre de bactéries, les résultats positifs peuvent être considérés comme pathologiques (RICHET., 1988).

Ø Cylindres granuleux : Les cylindres granuleux signant des lésions tubulo-interstitielles (par exemple, au cours d'un rejet de greffe rénale) (BLAQUE-BELAIR., 1986).

Ø Cylindre cireux : Ce sont des cylindres granuleux complexes dégénérés. Leur présence dans l'urine est généralement synonyme de dysfonctionnement rénal sévère et chronique, et d'amylose rénale. Leur apparition dans l'urine, en grande quantité, traduit une atteinte rénale grave (Godon et Martigny., 2007).

Ø Cylindres purulents : Ils apparaissent quand des leucocytes sont incorporés dans la substance intracellulaire du cylindre. Cela traduit une infection et le plus souvent une pyélonéphrite et parfois une atteinte glomérulaire (Wüthrich., 2001).

Ø Cylindres hématiques : Ce sont des cylindres pathologiques observés dans les lésions glomérulaires. Les cylindres hématiques traduisent souvent une gloméronéphrite aigué, une endocardite bactérienne, une septicémie. Ces cylindres sont granuleux et contiennent de l'hémoglobine issue des globules dégénérés (BLAQUE-BELAIRE., 1986).

Ø Les hématies (hématurie) : On dit qu'il y a hématurie, quand il y a émission de sang mêlé à des urines, l'hématurie peut être macroscopique c'est-à-dire visible à l'oeil nu car les urines sont colorées plus ou moins en rouge. Mais l'aspect des urines est parfois normal, pourtant si on les examine au microscope, on note la présence d'une quantité anormalement élevée de globule rouge : c'est une hématurie microscopique.Microscopique ou macroscopique, l'hématurie a exactement la même valeur, cela signifie la présence d'une lésion en un point quelconque de l'appareil urinaire du rein à l'urètre.

Ø Leucocytes : Leur nombre est variable et différentes méthodes réalisées sur l'urine centrifugée, ont été proposées pour les dénombrer de façon précise. Une leucocyturie supérieure à 10.000 leucocytes par ml est en faveur d'une infection. L'aspect des leucocytes est également variable. Ils sont souvent isolés ou groupés en amas. Ils font évoquer la pyurie (Godon et Martigny., 2007).

Ø Levures : A l'état normal, on ne trouve pas de levures dans les urines de l'homme lorsqu'on les prélève proprement au milieu de mictions ou par ponction vésicale sous- pubienne. Les levures ne sont pas très fréquentes, en effet, en plus des dépenses immunologiques cellulaires ou humorales, les propriétés fongiques des sécrétions prostatiques de l'homme et des glandes péri urétrales chez la femme contribuent à la protection des voies urinaires basses. Les levures sont dues le plus souvent à Candida albicans, plus rarement aux autres espèces des germes Candida, en particulier Candida glabrata (BRASSEUR., 1991).

Ø Les parasites : La bilharziose urinaire est une parasitose fréquente en pays d'endémie que l'on démontre en recherchant Schistosomahaematobium dans l'urine fraiche et à l'aide d'une sérologie (ACAR et GOLDSTEIN., 1991).

Ø Virus : Au cours de nombreuses maladies virales, il y a élimination des virus dans les urines, sans multiplication dans les voies urinaires, et sans aucun signe fonctionnel. Cependant, chez l'enfant, le syndrome de cystite hémorragique d'évolution bénigne, parait bien se rattacher à une infection à adénovirus (ACAR et GOLDSTE., 1991).

L'examen cytobactériologique des urines(ECBU) est l'examen le plus souvent demandé au laboratoire de bactériologie. Théoriquement simple dans sa réalisation, l'ECBU reste l'examen clé pour le diagnostic de certitude d'infection urinaire. Cependant, son interprétation est souvent difficile et repose essentiellement sur deux paramètres, la bactériurie et la leucocyturieTableau04.

. Ces deux paramètres quantitatifs doivent être pondérés par l'anamnèse, la présence ou non de signes cliniques ainsi que par des paramètres techniques comme la qualité du prélèvement, sa conservation ou son transport.

Le prélèvement est le premier point critique susceptible d'influer sur le résultat de l'ECBU du fait de la présence d'une colonisation de l'urètre et des voies génitales externes par une flore commensale.

Les prélèvements proviennent des différents types de patients : Les patients à miction autonome, les patients sondés, et les enfants porteurs de collecteurs aurines. Il est préférable de recueillir l'urine du matin afin d'obtenir une urine ayant séjourné suffisamment longtemps (au moins 3 à 4 heures) dans la vessie notamment en cas de diurèse importante. (Olivier Traxer, 2013)

La méthode habituelle recommandée consiste à récupérer de manière aseptique l'urine de milieu de jet, après un lavage hygiénique des mains et une toilette des organes génitaux externes au savon doux puis rinçage à l'eau ou par un antiseptique non agressif. Après évacuation du premier jet (20 ml) contaminé par la flore commensale, au moins 20 à30 ml sont recueillis dans un pot stérile.

Il est effectué dès la réception des urines après homogénéisation par retournement du flacon. Il permet d'apprécier la limpidité, l'aspect, la couleur, et la présence ou l'absence de dépôt cristallin et d'une éventuelle hématurie. Son intérêt reste limité. En effet, le caractère trouble d'une urine ne signe pas systématiquement la présence d'une infection et peut simplement refléter la présence de cristaux.

Il comprend un examen cytologique et un examen bactériologique :Examen direct :

Cytologie : l'examen cytologique des urines permet de dénombrer les éléments figurés contenus dans un volume donné de l'urine à étudier. Leur concentration est exprimée par millilitre. .Cet examen est quantitatif par comptage des leucocytes et des hématies et qualitatif par recherche d'autres éléments figurés de l'urine (cristaux, cylindres, levures, parasites....)

Dans la plupart des cas d'infections urinaires, un processus inflammatoire peut s'observer, ceci se traduit par la présence de plus de 104 leucocytes/ml, parfois en amas, fréquemment associés à une hématurie supérieure à 104 hématies/ml.

L'examen bactériologique d'un frottis coloré au gram de 10ìL d'une urine homogénéisée non centrifugée est un examen simple, rapide mais pas toujours utile. Un résultat positif est très évocateur d'une bactériurie supérieur à 104 UFC/ml.

Cet examen permet l'orientation à un diagnostic rapide (bacilles à Gram négatif, cocci à Gram positif, levures...) et permet ainsi d'orienter le prescripteur pour la mise en route d'une antibiothérapie probabiliste, notamment lors de pyélonéphrite ou de prostatite. Cet examen n'est pas toujours réalisé du fait du grand nombre d'ECBU demandés.

C'est une technique de laboratoire visant à tester la sensibilité d'une souche bactérienne vis-à-vis d'un ou plusieurs antibiotiques. Le principe consiste à placer la culture de bactéries en présence du ou des antibiotiques à tester et à observer les conséquences sur le développement et la survie de celle-ci. On peut par exemple placer plusieurs disques en papier imbibés d'antibiotiques sur une souche bactérienne déposée dans une boite de Pétri.

Il existe trois types d'interprétation selon le diamètre du cercle qui entoure le disque d'antibiotique : souche ou bactérie sensible, intermédiaire ou résistante. Le but de la réalisation d'un antibiogramme est de prédire la sensibilité d'un germe à un ou plusieurs antibiotiques dans une vision essentiellement thérapeutique et cela en déterminant CMI d'une souche bactérienne vis-à-vis de divers antibiotiques.

C'est cette méthode qu'on a adopté pour la réalisation des antibiogrammes, et c'est la plus utilisée par la majorité des laboratoires de diagnostic.

Dans ce cas, Les disques de papier buvard imprégnés par différents antibiotiques déposés à la surface d'un milieu gélosé, préalablement ensemencé avec une culture pure de la souche à étudier. Les antibiotiques diffusent de manière uniforme si bien que leurs concentrations sont inversement proportionnelles à la zone d'inhibition autour du disque correspondant à une absence de culture.

Elles sont effectuées en milieu liquide ou en milieu solide, où une solution mère d'antibiotiques est diluée de deux en deux, le diluant est le bouillon de Mueller Hinton. L'inoculation bactérienne est distribuée dans une série de tubes (méthode de macro dilution) ou de cupules (méthode de micro-dilution) contenant l'antibiotique.

Après incubation la CMI est indiquée par le tube ou la cupule qui contient la plus faible concentration d'antibiotique où aucune croissance n'est visible.

L'automatisation de l'antibiogramme s'est développée pour pallier aux inconvénients de la technique manuelle, manquant de standardisation et dont la réalisation est lente.

Les résultats des antibiogrammes sont exprimés sous forme de catégories cliniques retenues pour l'interprétation des tests de sensibilité in vitro et qui sont :
· Une souche sensible : c'est une souche pour laquelle la probabilité de succès thérapeutique est forte dans le cas d'un traitement par voie systémique avec la posologie recommandée.
· Une souche de sensibilité intermédiaire : c'est une souche pour laquelle le succès thérapeutique est imprévisible. La catégorie intermédiaire est aussi une zone tampon qui tient compte des incertitudes techniques et biologiques.
· Une souche résistante : c'est une souche pour laquelle il existe une forte probabilité d'échec thérapeutique quels que soient le type de traitement et la dose thérapeutique utilisée.

Mais l'analyse de ces résultats doit être complétée par une lecture interprétative, fondée sur la connaissance des phénotypes de résistance, et nécessitant une identification correcte de la souche et une méthode d'antibiogramme parfaitement standardisée.

L'IU est une pathologie fréquente, aussi bien en communauté qu'à l'hôpital. Cette fréquence est en rapport avec des facteurs favorisants et des facteurs d'uropathogénicité des germes en cause. Ces IU doivent faire l'objet d'une antibiothérapie adaptée, afin d'éviter l'aggravation ou la rechute. L'épidémiologie de la résistance des bactéries aux antibiotiques doit permettre de débuter une antibiothérapie probabiliste.

Notons que les E. coli produisent souvent (dans 40 à 50% des souches communautaires) une pénicillinase inactivable par les inhibiteurs de bétalactamases. Il est possible d'observer dans la communauté des résistances à des bétalactamines à spectre plus large. Staphylococcus saprophytiques est naturellement résistant à la fosfomycinetrometamol.

Le traitement des infections de l'appareil urinaire fait appel à des antibiotiques qui doivent remplir les conditions suivantes :- Etre bactéricides et bactériostatiques- Avoir une absorption rapide avec un pic plasmatique précoce ; une élimination urinaire prédominante et de fortes concentrations dans le rein et les urines ;- Couvrir les spectres de la majorité des germes habituels des infections urinaires ;- Ne pas sélectionner rapidement les souches résistantes ;- Avoir une bonne tolérance ;A ces propriétés générales s'ajoutent des considérations de voie d'administration (orale ou parentérale), de tolérance et de prix. L'antibiothérapie peut être débutée immédiatement après l'ECBU, sans en attendre le résultat quitte à modifier éventuellement la prescription initiale.

Les antibiotiques recommandés en traitement probabiliste infection simples sont :? En 1ère intention : fosfomycinetrométamol, en dose unique ? En 2ème intention : nitrofurantoïne, (pendant 5 jours) ou fluoroquinolone. (Ciprofloxacine, loméfloxacine, norfloxacine, ofloxacine) en dose unique ou pendant 3 jours.

Les traitements en prise unique ne doivent pas être utilisés dans les cystites compliquées.
· Le traitement probabiliste, s'il ne peut être différé dans l'attente de l'antibiogramme : ? En 1ère intention:nitrofurantoïne ; ? En 2ème intention:céfixime, ou fluoroquinolone (ciprofloxacine, ofloxacine, voire énoxacine, loméfloxacine, norfloxacine).
· Le traitement après obtention de l'antibiogramme, s'il peut être différé de 48h : ? Amoxicilline, ou amoxicilline-acide clavulanique, ou céfixime, ou fluoroquinolone (ciprofloxacine, ofloxacine, voire énoxacine, loméfloxacine, norfloxacine) ;? Nitrofurantoïne, ou pivmecillinam, ou sulfaméthoxazole-triméthoprime.

Toute infection chronique présente un taux important de morbidité. Les décharges bactériennes dans la circulation systématique accompagnées d'un état fébrile, d'une agitation et d'une désorientation sont bien connues surtout chez la personne âgée. La rééducation de la vessie à la contenance est particulièrement difficile, et est grevée d'un taux important d'échec en présence de l'infection.La progression de l'infection vers le bassinet peut aboutir a la longue, à la Pyélonéphrite chronique et a l'insuffisance rénale. L'infection urinaire rend les urines nauséabondes.

En cas de pose de la sonde vésicale, chaque mouvement dans le lit cause des douleurs au niveau du méat urinaire, il n'est pas rare que les malades deviennent dépressifs et peu collaborant. La contamination rétrograde de l'urètre chez l'homme peut également atteindre la glande prostatique et l'épididyme.

L'infection de ces glandes se traduit par un état fébrile, des douleurs et parfois une septicémie d'accompagnement.

Certaines précautions simples, sont susceptibles de renforcer les mécanismes naturels de défense qui doivent systématiquement accompagner le traitement :

Ø essuyer toujours de l'avant vers l'arrière avec le papier hygiénique après avoir

Ø Eviter de porter des sous-vêtements en fibres synthétiques ou des pantalons trop sers.

Ø Receler et traiter d'éventuelles lésions gynécologiques. (Mohammedi,S., 2013).

Un antibiotique se définit comme une substance, d'origine naturelle ou synthétique, utilisée contre les infections causées par les bactéries. Afin de pouvoir exercer son activité antibactérienne, un antibiotique doit :

- Atteindre sa cible, et donc pénétrer la membrane externe, la paroi, et la membrane cytoplasmique.

Les bactéries développent des mécanismes afin d'empêcher l'une ou l'autre de ces étapes, et ainsi permettre l'émergence de résistances aux antibiotiques.

Les antibiotiques agissent à l'échelon moléculaire au niveau d'une ou de plusieurs étapes métaboliques indispensables à la vie de la bactérie. Ils agissent par :

Au niveau de la synthèse de la paroi bactérienne, la membrane cytoplasmique, des protéines et des acides nucléiques.

Dans ce cas l'antibiotique est un analogue structural, il interfère avec une fonction essentielle à la bactérie Le tableau V. ci-après regroupe les principaux modes d'action des antibiotiques.

Tableau V: Classification des antibiotiques selon leurs sites d'action (Ourvalin P.,2008).

Evaluation de l'efficacité thérapeutique des antibiotiques prescrits par les prescripteurs sur les cas des infections urinaires: Etude menée dans la ville de Mbandaka 2023

I.3.6.Les germes à l'origine des infections urinaires