Memoire Online - Profil de sensibilité de souches d'escherichia coli isolées des prélèvements urinaires à Lubumbashi

Les infections urinaires sont des pathologies fréquentes en communauté qu'en milieu hospitalier, elles représentent le deuxième site d'infection bactérienne après les infections pulmonaires (Tullus et Shaiktuh, 2020). Elles sont définies par la présence d'un nombre significatif de bactéries dans les urines et se manifestent au niveau de l'arbre urinaires.

Escherichia coli est l'agent le plus fréquent parmi les isolats cliniques provoquant une infection chez l'homme. Certaines souches d'Escherichia coui se caractérisent par leur résistance à plusieurs antibiotiques ce qu'on appelle la multirésistance. La résistance des bactéries aux antibiotiques est devenue aujourd'hui un problème majeur de la santé publique La situation apparait particulièrement préoccupante en milieu hospitalier (Constantine et Maa-ufm, 2017).

Plusieurs études ont montré que les germes responsables des infections urinaires sont le plus souvent de la famille des entérobactéries avec une prédominance de l'espèce Escherichia coui qui est responsable de (90%) des IU.

La fréquence d'isolement des souches d'Escherichia coui résistantes aux antibiotiques responsables d'infections communautaires et nosocomiales dans les laboratoires hospitaliers est un problème de santé publique majeur.

La fréquence élevée des bactéries résistantes aux antibiotiques serait à la base des complications de la conduite thérapeutique face à cette pathologie, et justifie d'une part l'évaluation de l'efficacité de ces médicaments et d'autre part la recherche de nouvelles molécules antibactériennes. C'est dans cette optique que cette étude a été initié avec comme objectif général de contribuer à l'amélioration de la prise en charge des infections causées par Escherichia coui ; les objectifs spécifiques étaient de :

? Déterminer le profil de sensibilité des souches d'Escherichia coui vis-à-vis des antibiotiques utilisés.

Ce travail est subdivisé en deux parties, la première partie est consacrée à la revue de la littérature sur les généralités des infections urinaires, les généralités sur Escherichia coui et la seconde partie, consacrée à notre expérience personnelle.

I.1. Urine

L'urine est un liquide biologique composé de déchets de l'organisme, elle est secrétée par les reins par filtration du sang, qui sera expulsée hors du corps par le système urinaire (Alatou et al., 2015).

Il y a 95 % d'eau dans l'urine d'une personne en bonne santé, où les déchets du métabolisme sont

Substances Plasma (g) Urine primitive (g) Urine définitive (g) Chimiques
Eau	180L	180L	1.5L
Chlore (Cl-)	650	650	7.5 à 22.5
Sodium (Na+)	585	585	6.75
Potassium (K+)	36	36	2.25
Protéine	14400	0	0
Glucide	180	180	0
Lipide	900	0	0
Urée	54	54	30
Acide Urique	5.4	5.4	0.9
Créatinine	1.8	1.8	1.8
Ammoniac	0	0	0.75
Acide Hippurique	0	0	0.3

C'est l'ensemble des organes qui élaborent l'urine et l'évacuent hors du corps. L'appareil urinaire est formé de 2 parties. Le haut appareil urinaire est situé dans l'abdomen, en arrière de la cavité péritonéale et de son contenu. Il comprend :

? 2 reins, situés dans chaque fosse lombaire, de part et d'autre de la colonne vertébrale : le

parenchyme (tissu fonctionnel) rénal y élabore l'urine, qui est ensuite filtrée dans les calices ; ceux-ci, au nombre de 3 en moyenne pour chaque rein, se réunissent pour former le bassinet, qui collecte l'urine.

? 2 uretères, qui font suite à chacun des 2 bassinets ; ces conduits, d'environ 25 centimètres
de longueur, relient chaque rein à la vessie et permettent l'écoulement de l'urine vers la vessie.

? Vessie, organe creux, sphérique, dont la paroi est musculaire ; elle stocke l'urine venant

des uretères puis, lorsqu'elle est pleine, l'évacue vers l'urètre en contractant sa paroi musculaire ;

? Urètre : conduit séparé de la vessie par le col vésical, qui permet l'évacuation de l'urine
qu'elle contient hors du corps ; il est entouré d'un sphincter, dit urétral, qui se ferme pendant le remplissage de la vessie et s'ouvre lors des mictions. L'urètre a une morphologie différente chez l'homme et chez la femme. Chez l'homme, il est long et entouré par la prostate, qui forme autour de lui une sorte de manchon, et il s'ouvre à l'extrémité du gland pénien. Chez la femme, il est beaucoup plus court et s'ouvre à la vulve.

L'infection urinaire est l'infection bactérienne la plus commune et la cause d'un fardeau important pour les ressources du système de santé. En milieu communautaire, elle touche principalement les femmes actives sexuellement mais également les gens de tout âge. En milieu hospitalier, les personnes âgées et les porteurs de sonde urinaire sont les principaux patients touchés. Le concept d'une infection urinaire est large, allant d'une infection asymptomatique à une pyélonéphrite avec septicémie. L'identification de la cause et la sévérité de l'infection sont généralement établies au moyen de l'évaluation de la présentation clinique, des analyses biochimiques et des cultures urinaires. Le choix du traitement empirique est déterminé selon les facteurs de risque du patient et la sévérité à la présentation. La thérapie doit cibler l'Escherichia coli, pathogène identifié dans 80% des cas. À la suite de l'émergence d'E. coli producteurs de bêta-lactamases, l'ampicilline et les céphalosporines de première génération ont cédé leur place au triméthoprime-sulfaméthoxazole dans le traitement empirique. Depuis peu, la résistance à ce dernier augmente graduellement, atteignant maintenant jusqu'à 19% dans certains milieux et nécessitant ainsi une révision des choix empiriques. Le traitement de la cystite et celui de la pyélonéphrite sont donc revus, une attention

particulière étant accordée à la bactériurie asymptomatique, aux blessés médullaires et aux infections fongiques (Thirion & Williamson, 2003).

Les infections urinaires proposent une mise à jour sur les connaissances concernant l'épidémiologie de l'infection communautaire, sur leurs mécanismes de la résistance bactérienne et sur certains aspects de la maladie utiles autant aux urologues qu'aux infectiologues, gynécologues, urgentistes et médecins traitants. L'infection urinaire est multiple, complexe et justifie d'une approche multidisciplinaire (Yasmine, 2016).

Escherichia coli est responsable d'environ 90% des infections urinaires (TU) communautaires. Les souches de E. coli uropathogènes (UPEC) se différencient des souches retrouvées dans la flore commensale chez l'hôte normal, par la présence de facteurs de virulence et l'association à certains sérotypes : O1, O2, O4, O6, O7, O16, O18 et O75. L'arbre urinaire est normalement stérile, à l'exception de l'urètre distal contaminé par la flore digestive (entérobactéries, streptocoques), la flore cutanée (staphylocoques à coagulase négative, corynébactéries) et la flore génitale (lactobacilles chez la femme). Les reins sont protégés de l'invasion bactérienne par le sphincter vésico-urétral et le flux permanent de l'urine pyélique. La survenue d'une TU est liée soit à un déficit des défenses de l'hôte (anomalie organique ou fonctionnelle de l'arbre urinaire ou terrain particulier), soit au développement dans la flore urétrale d'une bactérie uropathogène. L'histoire naturelle de l'TU débute par la colonisation du tube digestif avec une souche uropathogène qui, grâce à la présence de facteurs de virulence, va coloniser l'aire péri-urétrale et migrer le long de l'urètre vers la vessie, puis le long de l'uretère vers le rein (Mariani-Kurkdjian, 2004).

? Klebsiella pneumoniae est une bactérie multirésistante et persistante, responsable de multiples infections nosocomiales, une panoplie d'éléments génétiques transférables comme les éléments d'intégration et de conjugaison, les plasmides conjugatifs, les transposons, les intégrons, qui offrent à ce germe de nouveaux caractères de virulence et de résistance aux antibiotiques, tels que les enzymes Bêtalactamases à spectre étendu (BLSE) et Carbapénémases codés par des gènes chromosomiques et plasmidiques acquis responsables de la dégradation des Bêtalactamines et des carbapénèmes (Giudicelli, 2025).

? Proteus mirabilis est un uropathogène opportuniste Gram négatif commun qui infecte les voies urinaires supérieures. Les fimbriae non agglutinantes (NAF) de P. mirabilis adhèrent aux récepteurs cellulaires de surface. Il a été démontré, dans des essais de liaison en phase solide et dans des tests de chromatographie sur couche mince avec détection par superposition, que des NAF purifiés provenant de P. mirabilis se fixent à de nombreux glycolipides incluant les asialo-GM1 et asialo-GM2 et le céramide lactosyl (LacCer), (Lee et al., 2024).

? Enterococcus faecalis : Lors des deux dernières décennies, Enterococcus faecalis a émergé comme une cause majeure d'infections nosocomiales. E. faecalis est une des rares bactéries presque complètement résistantes à l'un des composés les plus importants et les plus répandus du système immunitaire inné : le lysozyme (Ribeiro dos Santos, 2009).

? Staphylococcus saprophyticus est une des principales causes d'infections urinaires (IU) non compliquées chez la femme jeune sexuellement active. Sa prévalence varie selon les études de 1 % à plus de 42 %. La faculté d'adhérer aux cellules uroépithéliales de cette bactérie joue un grand rôle dans sa pathogénicité. Il a également été rapporté chez l'homme de tout âge et dans des infections plus sévères, comme des pyélonéphrites aiguës, des prostatites, des péritonites ou des endocardites (Praz, 2011).

Les infections urinaires (IU) peuvent être influencées par plusieurs facteurs de risque notamment : a. Anatomie :

? Femmes : La proximité de l'urètre à l'anus et la longueur plus courte de l'urètre. ? Malformations congénitales des voies urinaires.

? Diabète : Une glycémie élevée peut favoriser la croissance bactérienne. ? Troubles neurologiques : Qui affectent la vessie.

La cystite ne provoque jamais de fièvre et présente des symptômes qui varient en intensité (Emmanuel Mortier, 2002).

? Pollakiurie : mictions fréquentes ou peu abondantes, avec parfois impériosité

? Une cystite peut être totalement asymptomatique, révélée par l'examen microscopique des urines (cas fréquent pendant la grossesse).

Profil de sensibilité de souches d'escherichia coli isolées des prélèvements urinaires à Lubumbashi

INTRODUCTION

I.1. Urine